Non so se hai risolto, ma penso che il tuo problema sia la versione del BIOS dell'ALIX che deve essere in versione 0.99h come da documentazione:
http://doc.pfsense.org/index.php/Installing_pfSense#Additional_Information...
Booting pfSense the first time
Before attempting to boot, if you are using NanoBSD (pfSense 1.2.3 or newer) on ALIX hardware, ensure you have the latest BIOS (at least 0.99h) and set CHS mode in the BIOS.
...
Ciao
Andrea