Soekris, WRAP und ähnliche Platformen sollten mit pfsense-embedded-xx.x.img.gz per physdiskwrite installiert werden. Dieses Image paßt für alle embedded Platformen (solange diese nicht zu exotisch sind

) . Für diese Platformen ist Bildschirm/Tastatur auf den COM1 umgeleitet und kann mit 9600 baud über ein Nullmodemkabel mittels Terminalemulation benutzt werden (da viele embedded Platformen keine Grafikkarte bzw. Tastatur haben).
Die mini-updates sind nur dann zu empfehlen, wenn man von der vorigen auf die nächste Version gehen will ohne neu zu flashen. Sie aktualisieren eigentlich nur das WebGUI, daher sollte man von Zeit zu Zeit komplett neu flashen. In der endgültigen Version wird das nicht mehr notwendig sein, aber momentan verhält es sich einfach so.
In Deinem speziellen Fall empfehle ich die Karte neu zu flashen und auch die Konfiguration komplett neu zu erstellen. Diese Version ist ziemlich alt und es hat sich sehr viel geändert. U.u. wird daher die alte config.xml nicht mehr kompatibel sein.